工程结算主体单位不清的情况，建议建设单位成立专门的合同管理班子或者抽调各相关部门业务人员兼任，做到一个合同一审，审核合同的合法性，合同的有效性，合同的项目适用性，合同的违约责任处理，合同的变更等事项。工程竣工结算的依据是：在工程竣工结算审计时注意的问题：首先明确送审的合同是否为主管部门备案的合同，以免出现“阴阳合同”，及合同无效的情况。